Orda ordenado sacerdote em 1844, Padre Seelos serviu em várias paróquias da Costa Leste e do Centro-Oeste como membro da comunidade redentorista nos Estados Unidos. Além de orientar os seminaristas durante vários anos, ele também passou uma parte de seu sacerdócio viajando pelos Estados Unidos pregando missões paroquiais. Ele foi um excelente pregador e sua personalidade alegre ajudou muitas pessoas a encontrar o caminho de volta ao Sacramento da Confissão. O Padre Seelos passou horas sem fim no Confessionário e milhares de pessoas experimentaram ali a misericórdia de Deus através da sua doçura. O Padre Seelos enfatizou a importância da oração diária, e a necessidade de priorizar a oração ainda mais do que de costume nos momentos em que estamos ocupados, enfrentando tentações difíceis, ou nos sentimos fracos na fé.
Durante suas viagens, ele pregou em paróquias da Diocese de Toledo durante a década de 1860, inclusive: Paróquia Histórica de São Patrício em Toledo, Paróquia de São Francisco de Sales em Toledo, Paróquia do Sagrado Coração em Shelby, e Paróquia da Santíssima Trindade em Bucyrus. Em 1866, tornou-se pároco da Paróquia de Santa Maria da Assunção em Nova Orleans, onde concentrou o seu ministério nos pobres. Durante esse tempo houve uma epidemia de febre amarela em Nova Orleans. O Padre Seelos apanhou o vírus mortal enquanto servia os pobres. Ele morreu em 4 de outubro de 1867, aos 48 anos de idade. Embora ainda não esteja canonizado como santo, o Papa João Paulo II o declarou “abençoado” em 2000.
Durante a Missa declarando o Padre Seelos “abençoado”, o Papa João Paulo II disse o seguinte:
Nos vários lugares onde trabalhou, o Padre Francisco Xavier trouxe seu entusiasmo, espírito de sacrifício e zelo apostólico. Aos abandonados e perdidos ele pregou a mensagem de Jesus Cristo, “a fonte da salvação eterna” (Heb 5,9), e nas horas passadas no confessionário ele convenceu muitos a voltarem a Deus. Hoje, o Beato Francisco Xavier Seelos convida os membros da Igreja a aprofundar sua união com Cristo nos sacramentos da Penitência e da Eucaristia. Por sua intercessão, que todos os que trabalham na vinha para a salvação do povo de Deus sejam encorajados e fortalecidos em sua tarefa.