Deep no Deserto de Chihuahuan, a área à volta de El Capitan é composta por montanhas escarpadas e planícies de sal choradas pelo vento. Como resultado, a maior parte da presença indígena americana nas proximidades foi centrada em torno de 3 milhas a sudeste de El Capitan, na área agora chamada Pine Springs. Um oásis de nascentes, infiltrações e vegetação, esta área exibe evidências (lixeiras de mescal, petróglifos, artefatos, etc.) de ocupação humana por vários séculos. Mais recentemente, a área foi o lar sazonal de bandas dos Apaches Mescalero, que, empurrados para sul pelo ferozmente expansionista Comanche no século XVIII, utilizaram seus conhecimentos locais de nascentes e outros recursos escassos para se manterem em um ambiente de outra forma severo, bem no século XIX, quando a expansão e colonização anglo-saxônica terminou seu modo de vida delicadamente equilibrado.
Embora a ocasional expedição espanhola, como a de Antonio de Espejo em 1582, se tenha aproximado da área em torno de El Capitan, a presença anglo-europeia permanente na região data do final da década de 1840, quando a região se tornou oficialmente parte dos Estados Unidos após a vitória americana na Guerra México-Americana. Ansiosos por encontrar uma trilha adequada de San Antonio a El Paso e, eventualmente, aos distantes territórios americanos na costa do Pacífico, uma série de expedições empurradas para as terras quentes, secas e perigosas a oeste dos Pecos, na esperança de encontrar uma rota de vagões com madeira e água suficientes para tornar possível uma viagem consistente. Uma das expedições, liderada pelo agente índio Robert S. Neighbors, fez seu caminho até El Paso em 1849 através de uma difícil viagem que exigiu atravessar e recrutar os rios Pecos e Diabo, e depois sobreviver ao longo e seco trecho das Montanhas Davis até El Paso. Desanimado com a perspectiva de voltar pela mesma rota, o partido saiu de El Paso em direção leste em direção aos Tanques Hueco e ao Passo Guadalupe, que eles esperavam seguir para uma travessia estabelecida do Rio Pecos, perto da moderna fronteira entre o Texas e o Novo México, há muito utilizada por mexicanos e índios americanos. Conseguindo chegar ao Pecos, os vizinhos rapidamente desceram o rio e voltaram para San Antonio, onde relatou aos seus superiores que esta rota oferecia boa água nos Tanques Hueco, boa madeira perto das montanhas, e um caminho fácil através do Passo Guadalupe até o Pecos. Esta estrada, que ficou conhecida como a estrada “superior”, para se distinguir da estrada “inferior” original através do Forte Davis e subindo o Rio Grande até El Paso, logo se tornou popular entre comerciantes e emigrantes, seus longos trens de vagões e mulas passando perto da face chocante de El Capitan. Este tráfego aumentou em 1858, quando a diligência Butterfield começou a utilizar a estrada superior entre El Paso e o vau do Pecos chamada Pope’s Crossing, depois de John Pope, o oficial do Exército que tinha vigiado a travessia dois anos antes. Tirando partido da água e da madeira disponíveis, a diligência construiu uma estação na Adega, mais tarde chamada Pine Springs, a 3 milhas a sudeste de El Capitan. Embora esta estação tenha durado apenas um ano antes de a rota ter sido deslocada para sul para ficar sob a protecção de Forts Stockton e Davis, a estação da Adega continuou a ser utilizada por soldados, cargueiros e emigrantes muito tempo depois.
Durante este período, El Capitan também testemunhou a Guerra do Sal de El Paso, uma violenta luta entre mexicano-americanos e empresários anglo-americanos pelo acesso aos salares que se estendem para oeste a partir da base da montanha. Há muito conhecidos dos apaches, os salares foram identificados pela primeira vez pelos europeus em 1692, pela expedição de Diego de Vargas. Rapidamente se tornaram um importante recurso local, gerações de mexicanos, e mais tarde, mexicano-americanos, enfrentaram a quente e perigosa trilha de quatro dias desde San Elizario, no Rio Grande, até as montanhas Hueco e depois para o leste, em direção a El Capitan, para encher suas carroças com o precioso sal. Tudo isso mudou no final da década de 1840, quando a região começou a ter uma maior presença anglo-saxônica. Enquanto a lei e a tradição mexicana tinham mantido as salinas como propriedade comunitária, a tradição americana considerava-as terras não reclamadas, que podiam ser reclamadas por qualquer cidadão e adquiridas como propriedade privada. Na década de 1870, as tentativas dos empresários locais de reivindicar as salinas estavam sendo enfrentadas com violenta oposição pelos moradores locais, para os quais o sal gratuito era um importante coadjuvante da economia regional da agricultura e pecuária. O conflito chegou ao auge em dezembro de 1877, quando Charles Howard, que havia tentado reivindicar as salinas, e dois colegas foram assassinados por uma multidão enfurecida. Isso rapidamente levou a uma violência generalizada contra as famílias mexicano-americanas locais, levando muitos a fugir para o sul do Rio Grande. Quando a poeira assentou, as salinas haviam sido reclamadas e os moradores locais foram forçados a pagar pelo sal que, durante séculos, havia sido gratuito.
Até as primeiras décadas do século 20, uma estrada para todas as condições climáticas havia sido construída entre El Paso e Carlsbad, Novo México. Comissionada em 1928 como U.S. Highway 62, a estrada trouxe uma nova geração de visitantes para a área, particularmente após a abertura do vizinho Parque Nacional de Carlsbad Caverns, em 1930. Décadas antes da criação do Parque Nacional das Montanhas Guadalupe, os viajantes de carro e ônibus já paravam nas paradas de descanso à beira da estrada para se maravilharem com os lados do El Capitan, tirando fotos e escrevendo mensagens rápidas no verso dos cartões postais brasonados com a imponente face da montanha. Durante esse período, a terra que incluía o El Capitan era propriedade de James Adolphus Williams, cuja casa do Rancho Williams ainda se encontra em terrenos do parque a oeste da montanha. Depois de vários reveses económicos, Williams vendeu a terra em 1941 ao juiz J.C. Hunter de Van Horn, Texas, um próspero homem do petróleo e conservador, cujo Rancho das Montanhas Guadalupe acabou por incluir 75.000 hectares de terra em Guadalupes, incluindo partes do Desfiladeiro McKittrick. Um dos primeiros defensores do estabelecimento de um parque para proteger o sul de Guadalupes, Hunter fez campanha durante vários anos até à sua morte em 1945. Herdando o desejo do seu pai de ver a área protegida, tanto pela sua beleza paisagística como pelo seu significado geológico, o filho de Hunter, J.C. Hunter Jr., trabalhou com funcionários do Serviço de Parques Nacionais para construir um acordo que permitisse ao Serviço de Parques comprar o terreno para ser usado como parque nacional. Forçado a dirigir uma tormentosa batalha de legisladores estaduais e federais, funcionários do parque e engenheiros de estradas, bem como proprietários e fazendeiros locais, a doação do Hunter, que incluía El Capitan e Pico Guadalupe, foi finalmente entregue ao Serviço de Parques em 1969. Três anos depois, o Parque Nacional das Montanhas Guadalupe foi oficialmente aberto, permitindo o acesso público à área.