O gene CD40LG fornece instruções para fazer uma proteína chamada CD40 ligand, que é encontrada na superfície das células do sistema imunológico conhecidas como células T. O CD40 ligand se liga como uma chave em uma fechadura à sua proteína receptora, CD40, que se encontra na superfície das células do sistema imunológico conhecidas como células B. As células B estão envolvidas na produção de proteínas chamadas anticorpos ou imunoglobulinas que ajudam a proteger o corpo contra infecções. Existem várias classes de anticorpos, e cada uma tem uma função diferente no sistema imunológico. As células B são capazes de amadurecer dentro das células que produzem imunoglobulina M (IgM), sem qualquer sinal de outras células. Para que as células B amadureçam para as células que produzem anticorpos de uma classe diferente, o receptor CD40 deve interagir com o CD40 ligante. Quando estas duas proteínas são conectadas, elas disparam uma série de sinais químicos que instruem a célula B a começar a produzir imunoglobulina G (IgG), imunoglobulina A (IgA) e imunoglobulina E (IgE).
CD40 ligante também é necessário para que as células T interajam com outras células do sistema imunológico, e desempenha um papel fundamental na diferenciação das células T (o processo pelo qual as células amadurecem para realizar funções específicas).