GO Terms Classifications Counter

CateGOrizer, anteriormente conhecido como “GO Terms Classifications Counter”, é uma ferramenta web gratuita melhorada para os utilizadores analisarem em lote conjuntos de dados GO em termos de classes GO que representam. Uma característica útil da Ontologia Genética (GO) é que ela ajuda a descrever as hierarquias básicas de termos e as relações entre termos dentro do contexto da biologia. É normalmente uma tarefa difícil de se obter uma imagem clara de como um conjunto de termos GO é representado por categorias de GO. Esta ferramenta web simplifica o processo de raciocínio da base de dados através do agrupamento e categorização de classes GO em relação a um determinado método de classificação como GO-Slim, tirando partido da relação de termos pré-calculados com base no encerramento transitivo da base de dados GO. Esta ferramenta é composta por um conjunto de programas CGI perl acoplados a um SGBD MySQL que armazena os termos GO dados DAG.

	INTRODUÇÃO: Análise em lote de anotações GO para grupos de funções genéticas é uma parte útil da análise de dados EST ou microarray de alto rendimento. O programa recebe os termos GO (por exemplo GO:0007067) em formato de lista ou arquivo de texto simples sem formatação, realiza a classificação por etapas contra um dos GO slimmethods disponíveis como GO_slim, GOA, EGAD, MGI_GO_slim, GO-ROOT, etc. à escolha do usuário,r contra um dos seus próprios métodos de classificação, e então retorna os resultados na web (se demorar muito tempo, o usuário receberá um e-mail com o link de resultados). Os resultados incluem uma tabela com todas as contagens e percentagens finais, juntamente com um gráfico de tartes.
	USAGENS: O uso da ferramenta é tão fácil como seguir estes três passos: Passo 3: Conte as ocorrências de termos GO em cada classe ancestral: Um vídeo tutorial (japonês)
	QUESTÕES E RESPOSTAS: Para o uso adequado desta ferramenta e perguntas relacionadas, veja esta lista dePerguntas Frequentes (FAQ). Se você tiver alguma pergunta que não esteja coberta por esta FAQ, não hesite em nos informar. Todos os feedbacks sobre problemas e sugestões para melhorar a ferramenta são apreciados.
	PUBLICAÇÕES: Zhi-Liang Hu, Jie Bao e James M. Reecy (2008) “CateGOrizer: Um Programa Baseado na Web para Analisar Categorias de Classificação de Ontologia Genética em Lote”. Revista Online de Bioinformática. 9 (2):108-112. Citações do Google: 244 até 2020 Zhi-Liang Hu, Jie Bao e James M. Reecy (2007). “A Gene Ontology (GO) Terms Classifications Counter”. Planta & Conferência XV Genoma Animal, San Diego, CA, 13-17 de janeiro de 2007.