Começado como um spinoff acústico do avião Jefferson, Hot Tuna acabou por se tornar o foco a tempo inteiro dos membros fundadores Jack Casady e Jorma Kaukonen, surgindo como um popular acto de digressão dos anos 70. Os dois foram amigos para toda a vida, crescendo juntos em Washington, D.C., e tocando no grupo The Triumphs. Depois do ensino médio, o guitarrista Kaukonen e seus pais de serviço do governo se mudaram para as Filipinas, mas ele voltou aos EUA a tempo do advento da psicodelia, aterrissando em São Francisco e co-fundando o Airplane em 1965. O baixista Casady entrou pouco tempo depois, e juntos ajudaram a levar o grupo ao enorme sucesso durante o final dos anos 60.
Hot Tuna — originalmente chamado Hot Sh*t, para o desgosto de seu selo, RCA — começou a tomar forma em 1969, enquanto ambos Casady e Kaukonen ainda eram membros ativos do Jefferson Airplane; na verdade, suas primeiras performances foram intercaladas entre os shows regulares do Airplane. Como um trio arredondado pelo harmonista Will Scarlet (e ocasionalmente incluindo os membros do Airplane Marty Balin e Spencer Dryden), Hot Tuna estreou em 1970 com um LP auto-intitulado de blues e ragtime tradicional gravado ao vivo na New Orleans House em Berkeley; no ano seguinte, com mais rock inspirado em First Pull Up, Then Pull Down, a sua lista incluía o violinista Papa John Creach, concomitantemente um membro a tempo inteiro do Airplane, e o baterista Sammy Piazza. Minus Scarlet, um terceiro álbum, Burgers, apareceu em 1972.
Pelo aparecimento do The Phosphorescent Rat de 1974, tanto Casady como Kaukonen tinham saído oficialmente do Jefferson Airplane; por esta altura Creach, que optou por permanecer no Airplane, já não estava no grupo. Com a America’s Choice de 1975, Piazza também se foi, substituída pelo baterista Bob Steeler; Yellow Fever apareceu nesse mesmo ano, com Hoppkorv a seguir em 1976. O tecladista Nick Buck assinou a Double Dose de 1978, mas a Hot Tuna anunciou posteriormente a sua separação, encerrando a primeira fase da sua carreira com o Final Vinyl de 1979.
Na sequência do fim do grupo, Kaukonen lançou um LP solo, Jorma, e mais tarde juntou-se à nova unidade de onda Vital Parts; Casady também liderou um novo grupo de onda próprio, SVT. Em 1984, ambos voltaram às suas raízes: Casady juntou-se aos companheiros de avião Balin e Paul Kantner na banda KBC, enquanto Kaukonen reverteu para o folclore acústico e blues dos seus anos de formação. Finalmente, Casady e Kaukonen tocaram um punhado de datas de clubes sob a égide do Hot Tuna, re-formando-se de forma mais concreta em 1986; em 1990, suas fileiras incluíam o cantor/multi-instrumentista Michael Falzarano, um veterano de muitos shows de reencontro precoce.
Nesse ano Hot Tuna lançou Pair a Dice Found, sua primeira coleção de novos materiais de estúdio em mais de uma década; seguiu-se uma série de lançamentos ao vivo, incluindo o Live at Sweetwater de 1992, Splashdown Two de 1997, e And Furthurmore…. de 1999. Nos anos seguintes, Hot Tuna continuou a tocar vários shows ao vivo por ano, em várias configurações. Um dos melhores discos dos anos da RCA, Keep on Truckin’, foi lançado em 2006. O primeiro álbum de estúdio do grupo em 20 anos, Steady as She Goes, gravado no estúdio Levon Helm em Woodstock, Nova York, e produzido por Larry Campbell, foi lançado na Red House Records em 2011.