Johann van Beethoven era filho de Maria Josepha Ball (casada em 1733) e Lodewijk ou Ludwig van Beethoven (1712-1773); não confundir com o famoso filho do mesmo nome de Johann), que provavelmente nasceu na cidade de Mechelen, ou perto dela, na Holanda dos Habsburgos (agora na Flandres, Bélgica), e tinha servido como músico em várias comunidades em Mechelen e arredores antes de se estabelecer em Bonn em 1733, onde serviu como músico na corte do Príncipe-Arcebispo-Eleitor de Colônia Clemens August da Baviera, subindo ao posto de Kapellmeister em 1761. Johann van Beethoven também mostrou talento musical, e ingressou na corte, principalmente como cantor, em 1764. Além de cantar (seu alcance, embora geralmente descrito como o de um tenor, pode ter se estendido a registros altos e ainda mais altos), ele tocava violino e cítara, e tocava e ensinava instrumentos de teclado do dia, incluindo o cravo e o clavicórdio.
Ele conheceu sua futura esposa, Maria Magdalena Keverich (1746-1787), em uma viagem a Ehrenbreitstein. Ela era filha do chefe de cozinha de Johann IX Philipp von Walderdorff, arcebispo-eleitor de Trier, cuja corte estava lá, e ela tinha ligações familiares na orquestra da corte em Bonn. Keverich já estava viúva aos dezenove anos de idade. Ela e Johann casaram-se em 12 de novembro de 1767 na Igreja Católica de São Remigius, Bonn. Tiveram sete filhos, três dos quais viveram na vida adulta:
- Ludwig Maria van Beethoven (2 de Abril de 1769 – 6 de Abril de 1769)
- Ludwig van Beethoven (16 de Dezembro de 1770 em Bonn, Kurköln – 26 de Março de 1827)
- Kaspar Anton Karl van Beethoven (8 de Abril de 1774 – 15 de Novembro de 1815)
- Nikolaus Johann van Beethoven (2 de Outubro de 1776 – 12 de Janeiro de 1848)
- Anna Maria Franziska van Beethoven (23 de Fevereiro de 1779 – 27 de Fevereiro 1779)
- Franz Georg van Beethoven (17 de Janeiro 1781 – 16 de Agosto 1783)
- Maria Margarete Josepha van Beethoven (5 de Maio 1786 – 26 de Novembro 1787)
Johann percebeu o talento de Ludwig e tornou-se o seu primeiro professor. Ele foi, no entanto, um pai abusivo, segundo uma série de testemunhas. “Houve poucos dias em que não foi espancado para obrigá-lo a se colocar no piano”, relatou um amigo de infância de Ludwig. Um conselheiro da corte relatou que Johann ocasionalmente trancava Ludwig em uma adega. Sempre que Ludwig tocava mal, Johann exclamava que isso era uma vergonha para a família. Johann era um alcoólico, uma situação que piorou quando Maria morreu em 1787, após o que a família ficou cada vez mais dependente do jovem Ludwig para obter apoio. Em 1789, o jovem Ludwig de 18 anos de idade obteve uma ordem que resultou na entrega de metade do salário de Johann para o apoio da família.
Johann morreu em 1792, pouco tempo depois que Ludwig se mudou para Viena para estudar com Joseph Haydn. Seu empregador, o Eleitor, escreveu sardonicamente a um amigo: “As receitas do imposto sobre bebidas alcoólicas sofreram uma perda na morte de Beethoven”.