O prognóstico tende a ser bom para pacientes com MG. Muitas vezes é melhor não tratar casos leves de MG. O manejo necessita evitar medicamentos que podem piorar a transmissão neuromuscular, como antibióticos aminoglicosídeos, antibióticos quinolonas, beta-bloqueadores, cloroquina, antiarrítmicos, bloqueadores dos canais de cálcio, alguns anticonvulsivos e contraste iodado intravenoso devem ser evitados.
MG é caracteristicamente variável em curso, com a frequência da diplopia e da ptose afectadas por factores ambientais, emocionais e físicos, tais como luz solar intensa, stress, doenças virais, menstruação, gravidez, etc. A remissão espontânea pode ocorrer em qualquer paciente e permanecer por anos. Em um estudo da história natural da MG generalizada entre 168 pacientes (com seguimento médio de 12 anos), 14% tiveram remissão completa.
Patientes com miastenia ocular leve a moderada são geralmente tratados inicialmente com agentes anticolinesterase oral, sendo a Mestinon (piridostigmina) a mais comumente empregada. Não foram realizados ensaios clínicos aleatórios com estes agentes, e este tratamento é frequentemente mal sucedido, particularmente na resolução de diplópsias. A terapia imunossupressora é então iniciada e o agente de escolha é geralmente a prednisona. Num pequeno estudo controlado, este medicamento demonstrou uma eficácia superior à da piridostigmina. A terapia com esteróides é controversa, mas em outro estudo os resultados sugerem que a prednisona diminui a progressão para a MG generalizada. Não há um único regime de dosagem recomendado à luz dos efeitos colaterais comumente associados à terapia com corticosteróides crônicos, e da dificuldade em desmamar pacientes com esteróides sem exacerbação dos sintomas. A resposta à terapia com prednisona é variável.
Adicionalmente, os pacientes com MG devem ser examinados para a detecção de timomas e, se encontrados, devem ser submetidos à cirurgia para tratar desta condição. Uma timectomia profilática é controversa, mas tem se mostrado útil em pacientes jovens de MG com doença aguda dentro de 3 anos do início da doença, em pacientes com glândulas timo aumentadas e para os quais a cirurgia é de baixo risco, e pacientes com MG generalizada que não respondem ao tratamento médico.
Os sintomas da MG ocular também podem ser abordados por meios não-medicinais. A ptose pode ser corrigida com a colocação de muletas nos óculos e com fita de ptose para elevar a queda das pálpebras. A diplopia pode ser tratada por oclusão com manchas oculares, lentes foscas, lentes de contato ocluídas ou simplesmente colocando fita opaca sobre uma porção de óculos. Além disso, os prismas plásticos (prismas Fresnel) podem ser fixados aos óculos de um paciente diplópico, permitindo o alinhamento da visão de ambos os olhos na direcção afectada, mas são frequentemente problemáticos se o grau de fraqueza muscular, e portanto o desalinhamento ocular, flutua frequentemente.