O transporte de animais por água é uma forma muito antiga de transporte porque é relativamente barato e seguro, com uma perda mínima de animais. As vias aquáticas têm sido utilizadas para o transporte de animais vivos e vários bens dos tempos antigos, por exemplo, no Antigo Egipto e no Império Romano. Mais tarde, os Vikings tiveram tanto sucesso nas suas conquistas, porque sempre treinaram cavalos a bordo. Acredita-se que a colonização da América foi possível porque os espanhóis também traziam muitos cavalos com eles. As possessões dinamarquesas no Caribe devem muito do seu sucesso econômico no período entre 1820 e 1920 ao fornecimento permanente de mulas baratas e outros equídeos da América do Sul. As mulas eram utilizadas para fins agrícolas e para o trabalho em engenhos de cana-de-açúcar. No século XX, um número significativo de animais foi transportado para colônias alemãs e britânicas na África do Sul. Durante a Primeira e a Segunda Guerra Mundial, animais também eram transportados por água; medidas foram tomadas para atender aos requisitos fisiológicos fundamentais, e um veterinário acompanhou os animais em longas viagens. Estas precauções resultaram em perdas mínimas no transporte.