Uma das formas mais eficazes de gerir a podridão da espiga Cladosporium é identificar a sua presença o mais cedo possível e gerir o ambiente em que o milho é cultivado e armazenado. A pesquisa de podridão da espiga nos campos, que deve ser feita a cada duas semanas, e o teste de contaminação por micotoxinas é o primeiro passo para avaliar se a podridão da espiga em geral está ou não presente, embora nenhuma micotoxina esteja associada à C. herbarum especificamente. Campos problemáticos podem ser caracterizados por terem mais de 10% de espigas que contêm o fungo em 10-20% do grão. As espigas infectadas devem ser colhidas o mais rápido possível, limpas para remover partículas fúngicas, secas a 15% de umidade ou menos imediatamente para interromper o crescimento fúngico, e armazenadas em um ambiente arejado a 13-14% de umidade entre 35 e 40 °F para interromper a reprodução assexuada e a propagação do fungo. Esses controles culturais podem diminuir muito a perda de produção.
C. O herbarum precisa de uma abertura para infectar seu hospedeiro, de modo que controles culturais que evitam que os grãos sejam feridos impediriam a infecção de novas plantas. Os insecticidas podem ser usados atempadamente para controlar quimicamente as espigas de milho e as brocas de milho europeias que danificam o grão, permitindo que o inóculo entre no seu interior. Além disso, as colheitas devem ser higienizadas e devidamente ajustadas para minimizar os danos ao grão durante a colheita.
Outra forma menos eficaz de controlar a percentagem da cultura infectada é plantando variedades resistentes e descartando as mais susceptíveis. No entanto, vale a pena mencionar que nenhuma híbrida é resistente a todos os fungos que apodrecem a orelha e as variedades resistentes não estão amplamente disponíveis, portanto, mesmo que uma variedade possa ser resistente à podridão do ouvido do Cladosporium, ela pode estar em risco de infecção por outro fungo que apodrece a orelha. Uma maior cobertura de casca e uma camada de semente mais forte também tornam o hospedeiro mais difícil de infectar em primeiro lugar. A rotação de culturas seria provavelmente um método eficaz de controle cultural para eliminar o patógeno, mas exigiria que todos os produtores de milho de um condado cumprissem com isso para que houvesse qualquer impacto significativo nos níveis de inóculo. Se todos os produtores de milho não estivessem em sincronia com as rotações das culturas, os esporos dos campos próximos seriam simplesmente transportados pelo vento para outros campos e evitaria que os níveis de inóculo caíssem para níveis razoáveis.